Berdasarkan amanah Undang-Undang No. 43 Tahun 2008 tentang Wilayah Negara, pada pasal 11 ayat (1) dijelaskan bahwa dalam pengelolaan Wilayah Negara dan Kawasan Perbatasan, Pemerintah Provinsi berwenang:
- melaksanakan kebijakan Pemerintah dan menetapkan kebijakan lainnya dalam rangka otonomi daerah dan tugas pembantuan;
- melakukan koordinasi pembangunan di Kawasan Perbatasan;
- melakukan pembangunan Kawasan Perbatasan antar-pemerintah daerah dan/atau antara pemerintah daerah dengan pihak ketiga; dan
- melakukan pengawasan pelaksanaan pembangunan Kawasan Perbatasan yang dilaksanakan Pemerintah Kabupaten/Kota.
Selain itu pada pasal 14 ayat (1) dijelaskan bahwa untuk mengelola Batas Wilayah Negara dan mengelola Kawasan Perbatasan pada tingkat pusat dan daerah, Pemerintah dan pemerintah daerah membentuk Badan Pengelola nasional dan Badan Pengelola daerah. Hai inilah yang menjadi dasar pembentukan Badan Pengelola Perbatasan di Provinsi Kalimantan Utara.
Ditegaskan dalam permendagri No. 140 Tahun 2017 tentang Pembentukan Badan Pengelola Perbatasan di Daerah. Di tingkat provinsi Pembentukan Organisasi Badan Pengelola Perbatasan Daerah Provinsi Kalimantan Utara ditetapkan berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 8 Tahun 2020 tentang Perubahan Atas Peraturan Gubernur Kalimantan Utara Nomor 23 Tahun 2016 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Fungsi Penunjang Lain Provinsi Kalimantan Utara pada Bagian Kedua tentang Badan Pengelola Perbatasan Daerah. Badan Pengelola Perbatasan Daerah, selanjutnya disebut BPPD, merupakan salah satu organisasi perangkat daerah di Provinsi Kalimantan Utara yang dibentuk mulai Tahun 2020. Sebelumnya, Satuan Kerja Perangkat Dearh (SKPD) yang membidangi urusan perbatasan adalah Badan Pengelola Perbatasan yang dibentuk sejak terbentuknya pemerintahan di Provinsi Kalimantan Utara pada tahun 2013 sampai dengan tahun 2016.Perubahan kelembagaan ini salah satunya adalah karena dengan memperhatikan Surat Menteri Dalam Negeri RI Nomor 185.5/4070A/SJ, Tanggal 31 Oktober 2016, Tentang Penegasan/Pemjelasan atas angka 1 huruf g Surat Menteri Dalam Negeri Nomor 88/3774/SJ tanggal 11 Oktober 2016 perihal Pedoman Persetujuan Perda tentang Perangkat Daerah yang menegaskan bahwa untuk Perangkat Daerah di provinsi dapat berbentuk Biro Pengelolaan Perbatasan Negara pada Sekretariat Daerah Pemerintah Provinsi dengan jumlah cakupan 2 (dua) atau lebih kecamatan perbatasan negara atau lokasi prioritas (lokpri). Serta dilanjutkan oleh pembentukan Biro Pengelolaan Perbatasan Negara dari tahun 2017 sampai tahun 2020. Kedudukan Badan Pengelola Perbatasan Daerah berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 8 Tahun 2020 adalah sebagai berikut:
- Badan Pengelola Perbatasan Daerah merupakan unsur pendukung tugas Gubernur di bidang pengelolaan perbatasan batas wilayah negara dan kawasan perbatasan.
- Badan Pengelola Perbatasan Daerah dipimpin oleh seorang Kepala Badan yang dalam tugasnya berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah.
Tugas Badan Pengelola Perbatasan Daerah berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 8 Tahun 2020 adalah menetapkan kebijakan program pembangunan perbatasan dan melaksanakan evaluasi dan pengawasan terhadap pengelolaan batas wilayah negara dan kawasan perbatasan. Fungsi Badan Pengelola Perbatasan Daerah berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 8 Tahun 2020 adalah sebagai berikut:
- Penyusunan rencana aksi pembangunan kawasan perbatasan;
- Penyusunan program dan anggaran pembangunan kawasan perbatasan sesuai dengan skala prioritas;
- Pengoordinasian pelaksanaan pembangunan dan pemanfaatan kawasan perbatasan;
- Pelaksanaan fasilitasi penegasan, pemeliharaan, dan pengamanan batas wilayah negara;
- Penginventarisasian potensi sumber daya untuk pengusulan penetapan zona pengembangan ekonomi, sosial budaya, lingkungan hidup, dan zona lainnya di kawasan perbatasan; dan
- Pelaksanaan pengendalian dan pengawasan serta evaluasi dan pelaporan pelaksanaan pembangunan kawasan perbatasan.